Протягом декількох тижнів після посадки рослини потрібно регулярно поливати, навіть якщо погода не особливо суха. Укорінені рослини поливають тільки в стійко суху погоду. При поливі треба виливати по 10-20 літрів на 1 кв. м.
Необхідно вчасно видаляти з альпінарію бур'яни. Найбільша кількість клопоту доставляють пирій повзучий і кульбаба, які швидко ростуть і ще швидше розмножуються. Однорічні бур'яни знищують на першій фазі розвитку. Ні в якому разі не можна допускати їх цвітіння, так як в цьому випадку насіння поширяться по альпінарію, і він буде заражений бур'яном на багато років. Крім того, кожну весну треба мульчувати поверхню грунту. Альпійським рослинам не потрібні часті підгодівлі. Навесні ще до мульчування можна підгодувати їх комплексним добривом.
Деякі рослини в альпінарії мають властивість бурхливо розмножуватися. Це може відбуватися за допомогою насіння, як, наприклад, у маку, незабудки. Їх насіння швидко сходять, і молоді рослинки можуть придушити своїх сусідів. Щоб уникнути цього, треба видаляти зів'ялі квіти, не дозволяючи визрівати насінню. Є види, які, бурхливо розростаючись, витісняють інші. Це так звані агресори. До них відносяться чебрець, барвінок, ясколка та інші. Для запобігання розростання слід ці рослини вчасно підстригати або пересаджувати на вільні ділянки.
Іноді може знадобитися провести боротьбу з шкідниками рослин альпінарію. Для цього потрібно використовувати відповідний пестицид, строго дотримуючи всі рекомендації по застосуванню.
Альпінарій - це піднесений ділянку, тому рослини тут особливо сильно можуть постраждати під час зими, так як сніг з гірок здувається вітром. Для снігозатримання необхідно вкрити гірку лапником.
Цінні рослини, висаджені на гірці, потрібно вкрити, крім лапника, лутрасілом і мішковиною.
